在佩戴水晶之前，請先做好水晶之淨化消磁工作，這是因水晶的獨有吸收訊息及情緒的能力。假如買了一塊由一位負性能量極高的人所接觸或開採的水晶，負性能量被輸入、記錄下來；或為內部記憶的一部分，佩戴者可能自然受其影響而心情低落了起來。淨化時間越久，淨化效果就越佳，一般坊間的說法，淨化時間最好至少要達2個小時以上。
海鹽法
將水晶置於玻璃器皿中，以粗鹽覆蓋，即是海鹽而非精鹽，海鹽才是純天然，二十四小時後，將水晶沖洗乾淨，放置陰涼處下3~4小時，海鹽本身具有吸納雜質、清潔的功用。
低溫法
把水晶置放於冷凍庫中，但是冷凍庫盡量不要堆放其他物品，以避免水晶沾上奇他物品的氣味，可使用保鮮膜之類將水晶包裹，在置放於冰庫之中24小時即可。水晶屬高密度礦石，容易因其溫差變化，導致水晶破裂。此法不建議初玩水晶者使用。
晶洞晶簇法
若有晶洞或晶簇，可將水晶礦石直接放於其中，晶洞、晶簇的多重晶柱，即可將能量震盪反射其中，創造出能量場，足以自行補充能量，並淨化其中的礦石。放入時要小心，因水晶本身硬度高，若互相碰撞，還是會造成礦石的損傷。放置時間，若為大型晶洞、晶簇，3小時即可。若為小型的晶洞、晶簇，建議多放些時間。
清水沖洗法
將水晶拿到水龍頭下或淨水器的水，沖洗約3~4分鐘，水不需開太大，沖洗後抹乾；再置放於露天之地，讓陽光、月光、風、雨、霧等將它充電，排除污染其間的負性能量。